冰封九被释放后，撒马利亚人和机器的运作开始混乱；但是在撒马利亚人的指令下，根的遗体被挖出来好用她的人工耳蜗追踪其他成员。在机器的庇护下，芬奇、傅思科和肖逃过一劫；机器临死之前，告诉肖它认为根会想跟她讲的话；又留下一个语音讯息，让尔后机器的另一个备份可以知道从何学起。里斯为了上传机器的备份而不幸牺牲；而机器到卫星后，最后终于感染撒马利亚最后的备份让两个人工智慧同归于尽。里瑟跟踪着“号码”孔——一名国际商人，他本应该坐飞机到伦敦，却在中途因身体不适来到了急诊室，医生诊断孔得了流感并给他注射抗病毒剂治疗他的病情。弗 斯科前往安全屋找卡尔寻求调查线索。孔在注射抗病毒剂后，死在了急诊室，医生们采取了紧急隔离措施，芬奇也赶来帮忙。孔的血检结果显示他来急诊室前就已经感染了禽流感，在医生给他注射活性人流感病毒后两种病毒融合产生了一种高致命高传染性的新病毒！根通过调查发现给孔注射的那批抗病毒剂在运输的途中被更改线路运送到了一间实验室，显然是有人制造了这起疫情。根让“机器”分析了孔的血样，在运行了五万亿次后才模拟出杀死孔的那种病毒的染色体，而能拥有同样计 算能力的只有一位——“撒马利亚人”。最后“机器”分析出了治疗疫情的抗体药剂阻止了病毒的蔓延，但疫情过后，疾病控制及预防中心建议所有人接受体检以便 政府确定谁需要注射疫苗，然而这一切都是“撒马利亚人”为了采集人们DNA的行为，一场阴谋似乎正在酝酿着…“机器”给出了新的“号码”——亚历克斯·邓肯，为一家国际咨询公司工作的电脑硕士。芬奇为里瑟伪造了身份帮助里瑟进入邓肯公司进行调查，里瑟发现邓肯在下班后，潜入上司的办公室偷取文件。就在里瑟打算继续跟踪邓肯时，邓肯却被CIA带走，CIA行动的领队居然还是里瑟的老上司——比尔。另一方面，根被“机器”派去运输公司执行任务，根调查出“撒马利亚人”正在大规模安插自己的恶意软件。里瑟从比尔手上救出了邓肯，邓肯向里瑟坦白，他并非是间谍也没有偷国家机密，他只是在找有关自己哥哥保罗的信息。5年前保罗因叛国罪被CIA调查，而恰巧的是里瑟和同伴被比尔派去杀了保罗。邓肯调查到保罗曾接到命令去运送一批武器，而这批武器是被国家禁止提供给外国盟友的，因此邓肯的调查可能已经触及到某些人的利益。里瑟和邓肯被CIA抓住，押送的途中里瑟编了个故事告诉邓肯他的哥哥是位英雄，在一次空袭中遇难，比尔也识趣的配合了里瑟。最后里瑟带着邓肯成功逃了出来，而比尔也没有强行抓捕里瑟，他知道里瑟有着自己的使命，决定继续让他用自己的方式打击犯罪。
机器观察人们的结论是：人总是独自死去，不过如果你帮过某人、或让某人爱过，或只是让某人记得，那或许你根本没死，或根本还没结束。机器的备份连络上肖，而芬奇终于在意大利和未婚妻重逢。
