“机器”知道芬奇一直在犹豫是否要释放冰封9病毒，因为芬奇深知冰封9可以消灭“撒马利亚人”但同时“机器”也将一同消亡。“机器”给芬奇放映着里瑟、肖、弗斯科这些芬奇身边伙伴以前的模拟，给他看一个没有“机器”的世界借此帮他做决定，但最终还是得芬奇自己拿主意。在“机器”的帮助下，芬奇进入了国家安全局，他将在里面的机房释放冰封9。由于国安局里设置了静电屏蔽场，“机器”只能暂时切断与芬奇的联系，它给里瑟和肖发送信息让他们前来帮助芬奇。就在芬奇即将输入最后的语音密码释放冰封9时，“撒马利亚人”的特工找到了他并控制了他，头目格里亚将自己和芬奇困在密封的房间，在得知只有他一人知道语音密码后，格里亚下令抽空房间的空气打算与芬奇同归于尽。紧急关头里瑟和肖接通了连接外界的路由器，“机器”重新激活救出了芬奇。最终，芬奇说了出语音密码释放了病毒。弗斯科在爆炸中幸存下来，里瑟一伙前去医院探望他。根一直在试图寻找肖的消息，她请求“机器”给她提供帮助，“机器”却没有直接给她提供信息，而是指引根前往一家广播公司。该广播公司有一档名为《神秘传送》的节目，主持人麦克思专门与来电的观众分享他们遇见的那些超出人们理解范围的奇事。在“机器”的帮助下，根伪装身份在广播公司给麦克思做搭档。根接到一位名叫沃伦的听众的来电，他点名要与麦克思通话，沃伦声称这世上存在思想控制波，人们正被这种声波控制着。根向麦克思打听沃伦，麦克思告诉根他发现声波中存在这某些特定的有规律的杂音，就像在传递某种信息一样，他让沃伦帮他调查。沃伦再次来电，称他正被控制着，一股莫名的力量正要他自杀。根让里瑟去沃伦家中调查，里瑟赶到沃伦家，发现他已经死亡，但根那边与沃伦的通话却依然进行着！根意识到声波中的代码可能是“撒马利亚人”给组织特工发送指令的方式，而麦克思和沃伦打算公开他们的这一发现从而导致被灭口。根用同样的方式给肖发送了消息，而肖因为无数次的模拟已经渐渐分不清虚拟与现实了。芬奇成功唤醒了“机器”，然而由于承载机器的设备太过于简陋，机器一直出现各式各样的故障。里瑟与芬奇给机器偷回来了一组全新的GPU，“机器”终于运转起来了，并且相比以前开放了自身系统——可以搜索任何事任何人！“机器”重新开始工作，里瑟和弗斯科根据“机器”的分析提示，前往制止可能发生的犯罪事件。可是里瑟和弗斯科分别跟踪的“嫌犯”目标却并没有真正要犯罪的样子，与此同时，“机器”将芬奇和根认为是威胁目标并将他们关在了工作的车厢里。芬奇意识到，“机器”虽然成功苏醒，但是它却没有了时间概念。那些过去存在危险行为的人，都被它列入到威胁目标的名单里。“机器”不仅困住芬奇和根，还派出杀手去追杀里瑟。最终在芬奇的努力下，“机器”成功回忆起芬奇他们的身份。
