芬奇独自一人前往根的家乡得州，似乎是打算前往她的出生地悼念她，“机器”一直陪伴着他。里瑟和肖正打算去寻找芬奇，却接到新的“号码”——美国总统！总统即将出席一个高级别的筹资晚会，里瑟和肖混进了晚会现场对总统实施保护。里瑟及时发现了定时爆炸装置解除了危机，可是晚上现场的电视剧机屏幕上却出现了警告语，在抓住了一名假扮的服务生后，肖对其一番审问候假装放走他并顺藤摸瓜的找到了恐怖分子的老巢，原来是参议员的妻子为了反对政府对公民的监控行为，而决定为自由而战。肖在“机器”的帮助下成功脱困，弗斯科发现恐怖分子计划用无人机袭击总统的座驾，最后肖成功延缓了总统上车的时间避免了这次危机。但肖、里瑟、弗斯科都被特勤组逮捕，这时候三位以前的“号码”分别出现救出了他们三人。芬奇前往根家乡的途中来到了一所军事基地，盗取了里面封存的电脑病毒——冰封9，这时芬奇他们唯一能击溃“撒马利亚人”的机会…在“撒马利亚人”组织对肖进行7000多次的模拟后，肖依旧凭借着她惊人的意志力让他们没有半点收获，组织首脑觉得换个方式对肖进行模拟，让她亲眼目睹“撒马利亚人”是如何打击罪犯的，借此希望能够拉拢肖。新“号码”指向了一对新人，新娘是亿万赛马帝国的继承人，而新郎只是一名普普通通的律师。因此芬奇 认为很可能是某些家庭成员不希望这场婚礼的举行，芬奇和里瑟假扮身份混进的婚礼现场进行调查，最后根也赶过来帮忙。里瑟他们在婚礼现场发现了可疑人员，根和里瑟制服了他们，但是里瑟从杀手身上的照片发现杀手的目标并不是婚礼的新人，而是新娘家的家族摄像师——玛姬。由于玛姬在一次拍照中不小心拍下了新娘姐姐凯伦给赛马喂禁药的照片而被凯伦派人追杀，虽然玛姬已经答应删除照片，但凯伦依然不愿留活口。弗斯科独自调查着人口失踪案件，最后从一次电话录音中找到了线索，前往一座废弃的地下管道，发现了那些失踪人员。而正在此时，管道发生了爆炸…约翰·里瑟和他的朋友根、哈罗德·芬奇正被人全城追杀中，凶手是一个名叫“撒马利亚人（Samaritan）”的神秘组织。“撒马利亚人”是一个新型的人工智能系统，有人想让撒马利亚人替代芬奇制造的“机器（The Machine）”。芬奇和里瑟护送着装有“机器”内存芯片的工具箱返回他们的地下老巢。警察莱纳尔·弗斯科护送的两名黑帮大佬在护送途中被人射杀，联调局和内务部的人一起对弗斯科进行调查。根在逃亡的途中前往一位以前雇主的工厂寻求他的帮助，根拜托他帮自己伪造一个新身份逃避撒马利亚人的追捕，但雇主接受了“撒马利亚人”的好处出卖了根，紧急关头里瑟及时出现救了根。里瑟在电话中告诉弗斯科向警方承认是他射杀了黑帮大佬，虽然无法理解，但弗斯科还是按照里瑟的话做了。果然联调局立马撤销了对弗斯科的怀疑，认为弗斯科是正当防卫，并归还了弗斯科的配枪。在根和里瑟的帮助下，芬奇尝试解压“机器”。
