Root刚刚脱离精神病院的监禁就收到机器的直接指示：她必须与Shaw合作进行一项任务。如果Shaw不肯顺从，Root可以动用一切必要手段！与此同时，Reese和Finch获得一个性情温和的房地产调查员的号码。为什么这样一个人会成为「可疑对象」？他们必须尽快找到线索。机器的下落不明，而且完全处于「自我管理」状态，但仍然给Finch提供看似「毫不相关」的号码，帮助他确定那些身处险境之人的身份。机器提供的新号码指向一名海军官员，他和许多水手都已经来到纽约过「舰队周」（每年一度的水手集会，每年的5月海军军舰和空中救援队突然出现在城中，士兵们穿着正式的白色水兵服，场面很特别）。放眼望去，纽约的大街小巷上到处是穿白色水手服的士兵和军官，究竟谁才是Finch要找的人？他指派Reese和Shaw完成任务，这可给他们出了一道难题。与此同时，Carter遭腐败的警察犯罪组织HR陷害，被降职为街头巡警。但她并未放弃与HR组织的斗争，相反，她设下一个计策要将他们一网打尽。Root身处精神病院，她决定对自己的周遭环境进行一番试探。

• 第1集：机器的下落不明，而且…
• 第2集：机器提供了一个互联网…
• 第3集：Reese和Finc…
• 第4集：机器提供了纽约市一位…
• 第5集：机器提供了一个10岁…
• 第6集：Root刚刚脱离精神…
• 第7集：Finch和Rees…
• 第8集：Finch等人和HR…
• 第9集：对抗犯罪组织HR的战…
• 第10集：Carter遇害后，…
• 第11集：本集的剧情将通过回忆…
• 第12集：本集是上集故事的终结…
• 第13集：为了彻底抛弃POI团…
• 第14集：Reese回到纽约，…
• 第15集：Finch以卧底身份…
• 第16集：Finch征召Ree…
• 第17集：机器指派Root寻找…
• 第18集：Finch和Rees…
• 第19集：为了监视一名新可疑对…
• 第20集：Reese假扮特勤处…
• 第21集：Decima组织利用…
• 第22集：一股来历不明的势力阻…
• 第23集：邪恶的人工智能项目“… 完