被Diana击中的Tom生命垂危，NTAC则抓住机会使用钋元素"净化"Tom体内的纳米机器人。随后，他们找来Shawn为Tom疗伤，Tom的命保住了。与此同时，Shawn的弟弟把七窍流血的妈妈送进了医院。但糟糕的是，凡是靠近他一定距离的人，很多人都会出现同样的症状，最终倒地死亡－－这是典型的抗Promicin症状。原来，Shawn的弟弟所产生的超能力就是在普通人群中传播Promicin，速度比流感还快。见到眼前这种恐怖景象，Shawn的弟弟转身逃进了黑夜中。恢复正常后的Tom为自己做过的坏事深感自责，Meghan好言劝慰。医院的情况越来越严重，NTAC下令封锁了医院。Shawn的弟弟向Shawn寻求帮助，并承认自己该为妈妈的死负责。悲痛之余，Shawn决定设法阻止这场悲剧。Isabelle仍然在"印记人"和"预言之城"之间举棋不定。尽管她不想再做个坏人，但Rebecca提醒她，她的命掌握在"印记人"手里。预言之城里，Kyle以领导人的身份发表电视讲话，表示预言之城可以协助西雅图控制局势。此时，Promicin瘟疫已经蔓延到了医院之外的地方，甚至包括NTAC总部，整个西雅图陷入一片混乱。Marco对NTAC总部所有活下来的人（包括Meghan）进行了Promicin测试，结果显示大家都呈阳性，唯独Diana例外－－原来，在上一季中Kevin对Diana的Promicin实验使她产生了抗体。Meghan眼见形势失控，决定向预言之城妥协，并同时派Diana去4400中心帮助研究Promicin抗体。而Tom联想到自己恢复正常的事"印记人"并不知道，决定打入对方内部，以静制动。Meghan亲自来见Kyle，请求他临时帮助维持西雅图的秩序。她要求Kyle在事情结束后归还管理权，却浑然不知自己已经成了超能人中的一员。Rebecca见西雅图形势大好，遂命令Isabelle杀死Kyle。Tom若无其事地走进来，但是Rebecca还是从他的言行举止中察觉出了蛛丝马迹，顿时起了疑心。4400中心，Kevin检查Diana后得出结论，Promicin的抗体并不是稀有的东西，相反，在日常生活中非常普遍。为了赎罪，Shawn的兄弟不肯接受Shawn和Kevin的方案，不愿意再伤害无辜的人。最终，为了减轻弟弟的痛苦，Shawn亲手杀死了弟弟。接连失去两位亲人，Shawn痛不欲生。Tom偷偷溜进关押Jordan的房间，两人达成了一项临时性的互助协议。但是"印记人"的保镖们很快将他们抓获。Isabelle闯进预言之城，但是在最后时刻，她放弃了杀害Kyle。她想Kyle诀别后，返回了"印记人"的老巢。当"印记人"启动她大脑中的破坏装置后，她忍着最后一口气杀死了Rebecca，救出了Tom和Jordan。Shawn和Diana召开新闻发布会，将Kevin对Promicin抗体的研究结果公诸于众。Tom将一份"印记人"的名单交给Jordan。因为"印记人"所附身的都是声名显赫的人，政府拿他们无能为力，只有靠Jordan和他的秘密组织来对付这些人。八天后，Shawn为母亲和兄弟举行了葬礼。Shawn、Kyle和Tom三个争斗了好长时间的亲人，终于又聚到了一起。经过此时事件，西雅图新增了至少9000名超能人，JordanCollier的队伍越发壮大。Jordan堂而皇之地在市政大厅前的广场举行超能人集会，并邀请媒体到场采访，宣称新时代的来临。空无一人的4400中心，Shawn坐在自己的办公桌前，盯着一本杂志上JordanCollier的封面照发呆；NTAC，Meghan手里的笔突然变成了马蹄莲，她又惊又喜；Garrity特工发现自己一分为二，平白无故多了个克隆的"双胞胎"；Marco发现自己竟然有了时空转换的超能力（如同Heroes中的Hiro）。Maia对Jordan重新掌握局面甚为高兴，但Diana却忧心忡忡。Kyle回到家中，再次劝说父亲注射Promicin，并亲手将注射器放在他的面前。高速公路上，原本伫立的"欢迎来到西雅图"的标牌，已被超能人改成了"欢迎来到预言之城"。西雅图已彻底被超能人掌控。
