一九四五年九月九日，南京，日本受降仪式马上开始。火车站，留学归来的侦探程慈航，脑海中闪现一幕，女朋友小玉被日本鬼子追杀，手中有日本511部队秘密研究的生化武器，交代程慈航一定要安全带出去，让全世界知道日本人的恶性。程慈航带着资料离开，小玉被杀害，程慈航知道中田在南京，发誓一定要找到中田为小玉报仇。

一会就是受降仪式，警察厅厅长莫采石却去了火车站，留霍然总长在那监督值班。程慈航看见提着箱子的小野追去，莫采石也下令一定要抓到小野。就在程慈航要制伏小野时，警员欧阳倩和关天平赶来，小野趁机逃跑，莫采石拿到箱子。程慈航看见欧阳倩第一眼愣住了，跟小玉实在是太像了。欧阳倩认为程慈航是日本人，要将其抓走，程慈航解释自己是莫采石的亲戚，大家听了只是笑。

莫采石将那个箱子放到了中央博物院的青铜馆，命名为五九档案。程慈航被带到郊区，想办法逃跑了，可欧阳倩又找到了程慈航，将其带回警察局。霍然指责莫采石留自己这个警察署的总长去值班，怀疑火车站的火拼跟莫采石有关系，而莫采石临阵脱岗，总长必须向上头汇报，莫采石解释他是接到总裁侍从室的命令，夺回日军研究生化武器的资料。

中田知道程慈航手里还有一份研究生化武器的资料，命令小野务必找到程慈航。飞贼许老二和徒弟在警察局内贼刘阿常的帮助下盗走了五九档案。刑侦处处长严达庆接到中央博物院失窃的案子，安排正在审讯程慈航的欧阳倩出警。霍然下令将程慈航请回南京，参与五九档案的侦察。

• 第1集：一九四五年九月九日，…
• 第2集：程慈航去了车夫案的现…
• 第3集： 莫采石希望程…
• 第4集：霍蜜儿一直缠着要程慈…
• 第5集：霍然现在就要结案，自…
• 第6集：严达庆不让程慈航审讯…
• 第7集：欧阳倩偷偷跑进莫采石…
• 第8集：程慈航买了支玫瑰花送…
• 第9集：欧阳倩最担心的事还是…
• 第10集：霍蜜儿来警厅见到程慈…
• 第11集：霍蜜儿拔出严达庆腰间…
• 第12集：程慈航找刘阿常咨询锦…
• 第13集：马副官威胁刘阿常，而…
• 第14集：在当前的形势下，作为…
• 第15集：霍蜜儿是一直缠着程慈…
• 第16集：断指在南京出现，宫本…
• 第17集：莫采石突然跟程慈航说…
• 第18集：霍蜜儿跟欧阳倩提起程…
• 第19集：欧阳倩指责程慈航非法…
• 第20集：霍蜜儿陪心情不好的程…
• 第21集：程慈航最近有别的安排…
• 第22集：听说严达庆把程慈航赶…
• 第23集：哈金斯知道警厅在抓断…
• 第24集：莫采石坚信他手中的铁…
• 第25集：程慈航故意放出风，同…
• 第26集：马歇尔车旁边停的是尚…
• 第27集：刘振亮在街上碰见小飞…
• 第28集：程慈航醒了，这次他害…
• 第29集：霍蜜儿帮程慈航打扫卫…
• 第30集：刘阿常问莫采石是不是…
• 第31集：陈如骏已经安排青丸号…
• 第32集：锦线的一个堂口药铺被…
• 第33集：关天平前来江流湾告知…
• 第34集：莫采石表示有关程慈航…
• 第35集：现在全国缉拿刘振亮，…
• 第36集：关天平故意告诉程慈航…
• 第37集：欧阳倩没有回答，只是…
• 第38集：霍然要求程慈航上门下…
• 第39集：看着一早为自己做早餐…
• 第40集：莫采石将五九档案放在…
• 第41集：哈金斯质问莫采石为何…
• 第42集：程慈航发现刘阿常手中…
• 第43集：程慈航找到了莫采石藏… 完