十多年之后,李时珍和义弟李行义,还有李言闻收养的好友之女斯语都长大成人。李行义跟着李言闻学习医术,李时珍则按照父亲的要求一心科举,只能暗地里偷学医术。李时珍入书院的第一天因抢了荆王世子朱成翊的风头,从此便成了朱成翊的眼中钉。在书院时间越长他与朱成翊的积怨越深。在王府的干预下,李时珍不得不退出书院,回家自学。
不久,朱成翊的爱妃因喝了李言闻开的药后暴亡。朱成翊要斩李言闻,幸亏荆王府郡主朱苌葶出面求情。朱成翊答应给李家三天时间找出原因,否则定斩不饶。李时珍和李行义通过朱苌葶找到世子妃用过的药渣,发现里面少了一味叫黄精的药,而多了一味不知名的药,这让兄弟俩大为疑惑!
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